VANCOUVER - Medzinárodný tím vedcov použil superpočítač na analýzu miliónov gigabajtov sekvenčných génových dát z miliónov biologických vzoriek a rozpoznal obrovské množstvo RNA vírusov vrátane niekoľkých predtým nezaznamenaných koronavírusov. O výsledkoch štúdie, ktorá by mohla eliminovať vplyv budúcich pandémií, informuje časopis Nature.
Inteligentný počítač dokázal spracovať obrovské množstvá biologických vzoriek. Podarilo sa mu tak identifikovať 132 000 nových RNA vírusov, z ktorých bolo doteraz známych iba 15 000, vrátane doteraz nedefinovaných deviatich koronavírusov. Tento superpočítač použil vedecký tím na analýzu 20 miliónov gigabajtov sekvenčných génových údajov z 5,7 milióna biologických vzoriek z rôzneho environmentálneho prostredia, akými boli napríklad ľadové vrstvy alebo zvieracie výkaly. Podľa autorov štúdie môžu byť zistené informácie použité na zachytenie potenciálnych ochorení a možno aj budúcej pandémie.
Serratus is now published in @Nature :) https://t.co/pWc14xKw16
— hackseq (@hackseq) January 26, 2022
We searched 5.7M seq libraries (10.2 petabases) for all 15,000 known RNA viruses. In 11 days, we uncovered 130,000+ new RNA viruses (incl 9 new CoV, with a twist). That’s near an order of magnitude bump.
[1/N] pic.twitter.com/k3yTv0KwMX
"Vchádzame do novej éry porozumenia genetickej a priestorovej diversity vírusov v prírode a vidíme, ako sa stretávajú s týmito vírusmi rôzne zvieratá. Nádejou je, že nebudeme v budúcnosti prekvapení niečím podobným, ako je SARS-CoV-2," uviedol Artem Babaian z Univerzity v Cambridge. Tieto vírusy budú vedci podľa neho môcť teraz rozpoznať oveľa ľahšie a aj miesto, odkiaľ pochádzajú. "Skutočným cieľom je definovať ich tak rýchlo, aby nedokázali spôsobiť pandémiu. Keď príde pacient s horúčkou, po analýze krvi budeme schopní rozpoznať neznámy vírus a porovnať ho s oveľa väčšou databázou existujúcich vírusov. Napríklad, keď sa u niekoho v St. Louis zistí virálna infekcia neznámeho pôvodu, môžeme ju hľadať v databáze a do dvoch minút ju priradiť napríklad k vzorke vírusu ťavy z roku 2012," doplnil Babaian.
Najväčšiu hrozbu aktuálne predstavuje vírus SARS CoV-2, ktorý je pôvodcom pandémie ochorenia COVID-19. Je tu však stále aj aj jeho predchodca SARS-CoV, ktorý sa objavil v roku 2002 alebo MERS-CoV. Popri týchto nebezpečných koronavírusoch sú tu ďalšie štyri, ktoré zvyčajne nespôsobujú viac ako obyčajnú chrípku. Deväť nových koronavírusov pravdepodobne pochádza z prasiat, vtákov či netopierov, ale nie je jasné, či sú schopné infikovať ľudí. Počítač použitý pri tomto výskume má kapacitu 22 500 centrálnych procesných jednotiek. Tradičnému zariadeniu by trvalo viac ako rok, kým by vykonal podobnú analýzu. Projekt, v ktorom bol použitý, trval jedenásť dní a jeho náklady sa vyšplhali na 24 000 dolárov (viac ako 21 500 eur). Štúdia má potenciál pomôcť vylepšiť monitorovanie predvídania a zmierňovanie vplyvu potenciálnych budúcich pandémií.
