ŠEN-ČEN/HAMBURG - Medzinárodný tím kompletne dekódoval genóm bakteriálneho kmeňa E. coli O104:H4, ktorý spôsobuje nebezpečné vnútorné krvácanie a vyžiadal si desiatky obetí, najmä v Nemecku.
Oznámili to čínski a nemeckí vedci. E. coli O104:H4 má jeden kruhový chromozóm s dĺžkou 5278 kbp (1 kbp = tisíc bázových párov čiže „písmen“ DNA) a tri dodatočné menšie útvary DNA, tzv. plazmidy, dlhé 88 kbp, 75 kbp a 1,5 kbp.
Chromozóm obsahuje približne 5000 kódovacích sekvencií, čo zodpovedá čosi vyše 87 percentám genómu baktérie. Najväčší plazmid nesie viacero génov odolnosti proti liekom, najmenší iba dva gény, z ktorých jeden súvisi s kopírovaním DNA a druhý sa podľa všetkého podieľa – cez podporu zhromažďovania baktérií a posilnenie ich virulencie čiže choroboplodnosti – na pretrvávaní nákazy.
Za nebezpečnosťou nákazy sú zväčša gény, ktoré kódujú toxíny Shiga. Baktéria E. coli O104:H4 ich podľa všetkého získala integráciou genetického materiálu vírusu.
V jej genóme je viacero stôp takého zahrnutia cudzieho genetického materiálu, vrátane spomenutých génov odolnosti voči antibiotikám.
Analýza genómu ukázala, že kmeň patrí k enteroagregatívnym (zhlukujúcim sa v tráviacej sústave) baktériám E. coli označovaným ako EAEC, ktoré získali toxín Shiga zahrnutím genómu vírusu. Vysvetľuje to počiatočnú záhadu, ako môže mať EAEC isté vlastnosti enterohemoragickej (spôsobujúcej krvácanie v tráviacej sústave) E. coli čiže EHEC.
Smrtonosná nemecká E. coli teda nie je celkom nová baktéria, ale akýsi „hybridný“ kmeň, ktorý vedci dočasne označili ako STpEAEC.
Čínski vedci vzhľadom na naliehavosť účinného boja proti epidémii vyvolanej týmto bakteriálnym kmeňom uvoľnili nové genetické údaje do verejnej sféry na špeciálnom internetovom portáli, čo umožňuje rýchle zdieľanie výsledkov v rámci svetovej výskumnej komunity.
